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台大對該報導做出6點澄清，第一，該報導中刻意迴避教育部、科技部或台大對學術倫理案所做的審議結果：楊泮池並未違反學術倫理，有失公允；再者，台大認為，楊泮池和郭明良的學術關係不應以「學閥」汙名化，兩人的實驗室各自獨立運作，另稱楊泮池推薦郭明良擔任國科會處長，也不是事實。
有媒體近日以專題報導台大論文案，台大昨發出聲明澄清，文中有許多悖離事實之處，對學校與國家整體的學術發展產生負面影響，其中該媒體以「只有零星安打，一分未得」形容由台大校長楊泮池主持的生技醫藥國家型計畫，台大認為，生技研究人員的研究成果不容一筆勾銷。
第三，該報導也貶抑由楊泮池主持的生技醫藥國家型計畫，台大表示，此計畫是政府為全面改善生技研究環境、提升生醫研究與產業關聯所推出的計畫，績效如何，可受公評，但眾多研究人員的具體成果， 不容一筆勾銷。第四，該報導高估楊泮池獲得的研究經費，以生技醫藥國家型計畫為例，楊泮池是總主持人，不能申請任何子計畫，但因「規劃協調之勞」，許多經費算在楊泮池名下，因此實際所獲經費遠低於報導呈現的數值，台大認為，該報導以此來凸顯研究資源分配的差異，非持平的論述。第五，台大不解，楊泮池在腸胃科和許金川教授學習的超音波技術，後來進入胸腔科後，成功應用到胸腔疾病的診斷，是造福普世病人的事，何以成為該報導中的負面事件？最後，該報導指出台大醫學院副院長吳明賢日前要求將其研究成果刊登於台大校訊電子報，結果卻遭到楊泮池拒絕，台大以及吳明賢本人皆駁斥此內容，吳明賢表示，相關研究成果早已於2016年3月刊登於台大校訊電子報，要求該媒體立即更正並道歉。(中國時報)
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